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Desde sua fundação, em 1933, a Escola Paulista de Medicina (EPM) instituiu a cadeira de Física Médica cujo primeiro regente foi o Prof. Lauro Monteiro da Cruz que, tendo sido eleito deputado federal, foi subtituído em 1949 pelo Prof. Carlos Ribeiro Diniz, a quem se seguiram os Profs. Rômulo Ribeiro Pieroni, Nelson Paladino e Sebastião Baeta Henriques, todos trabalhando na EPM em regime de tempo parcial. No início da década de sessenta, a cadeira passou a designar-se Biofísica e se integrou no Departamento de Biofísica e Fisiologia, sob a direção do Prof. Paulo Enéas Galvão, catedrático de Fisiologia. Em novembro de 1963, a Disciplina de Biofísica instalou-se no recém-inaugurado Edifício de Ciências Biomédicas (ECB) ao mesmo tempo em que recebeu dois docentes transferidos pelo Departamento de Farmacologia e Bioquímica, Dr. Antonio Cechelli de Mattos Paiva e Dr.ª Therezinha Bandiera Paiva, médicos formados pela própria EPM que, em regime de tempo integral, passaram a compor, com a química Maria Cecília Ferraz de Oliveira, o corpo docente desta Disciplina. A chefia desta Disciplina ficou, nesta época, a cargo do Prof. Paiva e estes pesquisadores deram o impulso inicial em diversas linhas de pesquisa que estavam centradas inicialmente na síntese química de peptídeos e no estudo farmacológico desses importantes compostos biológicos. 

A partir de 1978, a Disciplina de Biofísica tornou-se um Departamento independente, passando a contar com as Disciplinas de Biofísica e de Físico-química, incorporando-se nesta última, os setores de Matemática e de Física. Deste modo, consolidou-se a convicção, em nossa Instituição, de que alunos de qualidade, como todos os formados pela EPM, deveriam necessariamente assimilar as leis e os conceitos básicos, tanto de física quanto de físico-química que governam os processos biológicos. A partir desta fase, a Disciplina de Biofísica foi chefiada pelo Prof. Luiz Juliano Neto e a Disciplina de Físico-química pela Prof.ª Alice Teixeira Ferreira.

Para acomodar o expressivo crescimento das linhas de pesquisa, o Departamento de Biofísica passou a ocupar também, em 1985, uma parte do novo prédio do Instituto Nacional de Farmacologia (INFAR), juntamente com os Departamentos de Bioquímica e Farmacologia. Os laboratórios de síntese e estudos físico-químicos de peptídios se instalaram neste novo local, permanecendo no ECB os laboratórios de pesquisa mais biológica e biofísica de peptídios. Deste modo, novas e importantes metodologias puderam ser implantadas, tais como: eletrofisiologia e a biologia molecular, com aplicação em áreas diversificadas, abrangendo desde o estudo de receptores acoplados à proteína G até a terapia gênica. Esta expansão envolveu também o surgimento de outras áreas, como a de peptídios vasoativos do sistema nervoso central, a síntese e sequenciamento de oligonucleotídeos e a computação gráfica e modelagem molecular para o estudo de receptores de membranas. 

No edifício do INFAR, além de intenso desenvolvimento da metodologia química de síntese peptídica de produção de novos materiais poliméricos para a síntese peptídica e uso como resinas alternativas para purificação cromatográfica de diversos compostos de interesse biológico, iniciou-se um amplo desenvolvimento de estudos do mecanismo de ação de enzimas proteolíticas. Em consonância com estes desenvolvimentos, equipamentos analíticos essenciais como os de cromatografias líquidas de alta eficiência (HPLC), analisador de aminoácidos, espectrômetro de massa, eletroforese capilar, sequenciador de aminoácidos etc., foram adquiridos. 

O Departamento de Biofísica é um centro produtivo relevante, não apenas de trabalhos científicos ou mesmo de patentes, mas também de matérias-primas e de serviços especializados para a comunidade científica nacional. Isto abrange principalmente a produção de peptídios para a pesquisa ou em uso como medicamentos e também de oligonucleotídeos.

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